Il existe des familiers ayant le pouvoir d'exaucer le vœu d'une jeune fille choisie par leurs soins. Cependant, elle doit en échange devenir une Mahou Shoujo, et combattre des sorcières, des créatures démoniaques nées de la détresse humaine, responsables de malédictions, de meurtres et de suicides. Une collégienne du nom de Madoka Kaname, ainsi que son amie Sayaka Miki, sont ainsi approchées par le familier Kyubey et une Mahou Shoujo, Mami Tomoe, avec la proposition d'à leur tour endosser la lourde tâche de lutter contre le mal. La nouvelle élève de leur classe, Homura Akemi, cherche toutefois mystérieusement à empêcher Madoka de conclure ce contrat...

Madoka est une jeune fille de 14 ans dont la vie est transformée quand elle rencontre Kyubey qui lui propose alors de devenir une Puella Magi elle-même, en l'échange d'un vœu. Elle se voit comme une personne sans qualités ou talents particuliers, et après avoir vu Mami se battre contre les sorcières et leurs familiers, souhaite devenir une fantastique Puella Magi à son image. Kyubey, Mami et Homura ont remarqué chez elle un immense potentiel. Elle reste malgré tout hésitante à passer un contrat qui engage sa vie.

Homura est une Puella Magi qui apparaît dans le rêve de Madoka, et est par la suite transférée dans son collège. C'est une fille très belle et réservée, qui a d'extraordinaires capacités intellectuelles et physiques, ce qui la rend populaire malgré sa personnalité étrange. Elle a passé le contrat avec Kyubey qui a fait d'elle une puella magi, mais on ne sait pas grand chose sur elle, Kyubey la définissant comme une « irrégulière ». Ayant vu beaucoup de puella magi mourir au combat, elle essaie de protéger les autres filles de ces contrats, particulièrement Madoka qu'elle semble connaître d'avant leur rencontre. À cause de cela, elle est la rivale de Mami, qui souhaite au contraire que Madoka devienne à son tour une puella magi. Quand elle se transforme, une sorte de petit disque qui lui sert de bouclier apparaît sur son avant-bras. Elle est capable de produire de puissantes explosions et des projectiles de feu magique et a également le pouvoir de manipuler le temps.

Sayaka est la Camarade de classe de Madoka qui, après avoir aidé Madoka à sauver Kyubey, se voit également offrir de devenir une Puella Magi. Elle se soucie beaucoup de ses amis, et souhaite aider un garçon hospitalisé du nom de Kyosuke Kamijo, violoniste, qui l'inspirait pendant son enfance, et dont elle est tombée amoureuse. Avant de devenir une Puella Magi, Sayaka se bat au moyen d'une batte de baseball transformée en arme magique par Mami pour se protéger et protéger Madoka pendant la chasse aux sorcières. Elle devient une Puella Magi en utilisant son vœu pour soigner la main de Kyosuke, abîmée pendant un accident, et lui rendre sa capacité à jouer du violon. Son arme de prédilection est une épée dont, à la manière de Mami, elle peut faire apparaître des copies à volonté. Son souhait ayant pour but la guérison, elle bénéficie d'une capacité de régénération exceptionnelle. Son cercle magique ressemble à une partition musicale.

Mami est une Puella Magi liée à Kyubey par un contrat, élève de troisième année dans le collège de Madoka. Elle a la capacité de faire apparaître presque à l'infini des mousquets, peut utiliser des rubans pour paralyser ses ennemis et peut également soigner. Elle est rescapée d'un accident de voiture auquel elle a survécu grâce au vœu que lui a offert Kyubey. À la différence des autres puella magi qui recherchent les graines de désespoir, elle est plus concentrée sur la protection de ceux qui l'entourent. Malgré son apparence de grande sœur rassurante et joyeuse, elle est très seule et est effrayée par la nature de son travail.

Kyubey peut exaucer le vœu, quel qu'il soit, de certaines filles, à la condition qu'elles deviennent par la suite des puella magi et combattent les sorcières. Il a jusqu'ici passé des contrats avec Mami, Kyoko, Homura et Sayaka. En tant qu'Incubateur, il ne peut être vu et entendu que par les Puella Magi et les personnes ayant un potentiel magique. Il y en a au moins des milliers comme lui. Ses motivations réelles sont inconnues, et il cherche constamment à persuader des filles ayant un potentiel magique à passer un contrat avec lui malgré les risques qu'il leur fait ainsi encourir...

Kyoko est une Puella Magi rivale qui apparaît en ville à la fin du quatrième épisode. Elle a de longs cheveux rouges et une personnalité toute aussi ardente. Note amusante, elle est perpétuellement en train de manger quelque chose, même lors de son combat contre Sayaka. Quand elle apprend que cette dernière est devenue une Puella Magi juste avant son arrivée, elle devient son ennemi pour lui voler son territoire. À la différence de Mami, son seul objectif est de récupérer les griefs speeds, au point de laisser les familiers des sorcières commettre des meurtres pour qu'ils deviennent à leur tour des sorcières et ainsi en obtenir plus. Elle se bat au moyen d'une lance qui peut s'allonger et se diviser en plusieurs sections, et qui peut immobiliser et frapper les ennemis grâce à la sphère à son extrémité. Elle semble pouvoir changer la taille de la sphère à volonté.

 

Voici les personnages de ce mangas.