Le manga raconte l’histoire d’une jeune fille de 10 ans, Mikan Sakura, qui devient dépressive suite au transfert de sa meilleure amie, Hotaru Imai, dans une école spéciale pour les « Génies » à Tokyo. Après avoir entendu les rumeurs horribles qui courent sur cette école, Mikan décide d’aller chercher sa meilleure amie elle-même, et constate à ses dépens que l’école n’accepte que des élèves possédant un « Alice ». Chaque élève possède un pouvoir propre à lui même (comme lire dans les pensées, voler, la télékinésie…) À sa propre surprise, un professeur de l’académie, Narumie, découvre qu’elle possède elle aussi un Alice unique et arrange son admission à l’école.

 

 

Mikan Sakura, son prénom signifie Mandarine, c'est l'héroïne de l'histoire et son Alice est celui de l'annulation (qu'elle hérite de son père). Sa classe est d'abord la SPE, puis elle est transférée chez les dangereux. C'est une adorable enfant pleine de vie et qui sourit souvent!

Hotaru Imai est la meilleure amie de Mikan. C'est une enfant calme et surdouée, son Alice est celui de l'invention ! Elle appartient donc à la classe TECH. Elle a un grand frère plus âgé qu'elle qui est un des représentant de l'académie au lycée (Subaru Imai). On apprend bien plus tard dans l'histoire qu'elle éprouve en réalité des sentiments pour Mikan et l'embrassera une fois. C'est une fille très sarcastique et qui semble être la rivale de Natsume pour les sentiments envers Mikan.

Natsume Hyuuga est un jeune garçon très doué mais assez rebelle, son Alice est le Feu. Il fait partie de la classe des dangereux. Au début rebelle, renfermé et vulgaire (pervers aussi), il finira par s'adoucir aux côtés de Mikan, dont il tombera amoureux. Il tient énormément à Luca, son meilleur ami d'enfance, et à Aoi, sa sœur. Il déteste beaucoup Tsubasa qu'il considère comme rival par jalousie et essayera plusieurs fois de le faire tomber alors que ce dernier portait Mikan dans ses bras. Il est également très attaché à Yoichi ( YOYO ) , un garçon de trois ans de la classe "Dangereuse". Son alice est limité, c'est-à-dire que plus il l'utilise, plus sa vie est raccourcie, ce qui crée chez lui de gros problèmes médicaux. 

Meilleur ami de Natsume, son Alice lui permet de comprendre, parler et "contrôler" les animaux grâce à des phéromones animales. Il connait Natsume depuis qu'il a 8 ans. Il est très amoureux de Mikan, et déclare souvent qu'il ne veut "pas perdre contre son meilleur ami". Il est très attaché à Natsume et s'inquiète souvent pour lui. Il fait partie des PHY et tient toujours un lapin blanc dans les bras. 

Voici les 4 personnages principaux de cette histoire.